Des suivis sur le long terme, mettant en œuvre des méthodes standardisées, visent à évaluer l’évolution du patrimoine de la réserve. Les principaux enjeux de conservation de la biodiversité sont pris en compte :
– Flore des prairies : des observations annuelles permettent d’évaluer la pertinence des pratiques de gestion.
– Papillons diurnes : la réserve abrite environ 50% des espèces présentes dans la région Bretagne. Cette diversité élevée est suivie par l’intermédiaire de parcours témoin qui renseignent sur les variations inter-annuelles du nombre d’espèces et de leur abondance. Les papillons constituent aussi de bons indicateurs de la qualité de l’environnement.
– Reptiles et amphibiens : depuis 2008, des dénombrements sont réalisés dans des mares ou le long de parcours échantillons.
– Oiseaux d’eau : depuis 1997, des recensements sont réalisés tout au long de l’année pour mesurer la fréquentation de la réserve par ces espèces emblématiques et suivre l’évolution des effectifs sur le long terme.
– Pêche. Protocole mis en place sur l’ensemble des réserves naturelles de France. L’objectif est de pouvoir évaluer la diversité en poissons, y compris en ce qui concerne les espèces commercialisées à la vente.